El quehacer operativo del IHNFA se realiza en las seis oficinas regionales a través de tres líneas de acción, o programas, cuya estructura de procesos se viene delineando de manera particular en cada una de las oficinas regionales, de acuerdo al recurso humano existente y a las necesidades particulares de cada región. 

Una de las grandes necesidades identificada desde el inicio de ésta Comisión Interventora, es la evaluación de la estructura programática institucional, sin la cual las propuestas que surjan serán meros paliativos de una situación que impacta negativamente en la calidad de vida de nuestros niños y niñas. Mientras tal evaluación sucede, durante este periodo se han gestionado fondos externos para mejorar la infraestructura de los diferentes centros a través de los cuales la institución presta servicios a la niñez y agregar a los bienes institucionales nuevas edificaciones, tal y como se especifica en el apartado de proyectos de inversión.